Για την εύρυθμη λειτουργία του Π.Μ.Σ. διατίθενται αίθουσες διδασκαλίας του Τμήματος Οδοντιατρικής και ιδιαίτερα στο Εργαστήριο της Στοματικής και Γναθοπροσωπικής Χειρουργικής (ΦΕΚ 987/τ. Β/7-11-1997) υπάρχει επάρκεια χώρων για την κάλυψη των αναγκών διδασκαλίας του υπό ίδρυση ΠΜΣ σε θεωρητικό, εργαστηριακό και κλινικό επίπεδο.

Συγκεκριμένα σε επίπεδο Τμήματος διατίθενται, χώρος τηλεδιάσκεψης, 3 Αμφιθέατρα και τουλάχιστον 8 αίθουσες σεμιναρίων, πλήρως εξοπλισμένων, που χρησιμοποιούνται βάσει ωρολογίου προγράμματος για τη θεωρητική εκπαίδευση των μεταπτυχιακών φοιτητών.  Ειδικότερα δε σε ότι αφορά στην εργαστηριακή άσκηση οι χώροι είναι ανεξάρτητοι αυτών της προπτυχιακής εκπαίδευσης και προορίζονται αποκλειστικά για την εκπαίδευση των μεταπτυχιακών φοιτητών. Ενώ σε επίπεδο κλινικής άσκησης παρέχεται η δυνατότητα των μεταπτυχιακών φοιτητών για εκπαίδευση σε συνεχή ροή νέων περιστατικών που προσέρχονται στην Οδοντιατρική για διάγνωση και θεραπευτική αντιμετώπιση.

Επίσης σε ειδικές περιπτώσεις και πάντα σε συνεννόηση με το Διευθυντή του ΠΜΣ μπορεί να χρησιμοποιηθούν και ορισμένες εξωτερικές δομές του Δημοσίου, όπως Νοσοκομεία, Κέντρα Υγείας, Σχολεία, κτλ.

Η διοικητική και γραμματειακή υποστήριξη του Π.Μ.Σ. γίνεται από τη Γραμματεία του Τμήματος Οδοντιατρικής και αφορά κυρίως την εφαρμογή του νομοθετικού πλαισίου για τα Π.Μ.Σ., τις εγγραφές των εισακτέων, την έκδοση πιστοποιητικών, την ενημέρωση των μεταπτυχιακών φοιτητών κ.ά.

Για την υλοποίηση του Π.Μ.Σ. θα χρησιμοποιηθεί η υλικοτεχνική υποδομή και οι ειδικές εγκαταστάσεις των Αιθουσών, Εργαστηρίων και Κλινικών των κτιρίων του Τμήματος Οδοντιατρικής, του Εργαστηρίου της Στοματικής και Γναθοπροσωπικής Χειρουργικής και του Μανδαλίδειου Κέντρου Οδοντιατρικών Ερευνών.